晚上，顾祝同在看报纸的时候，突然毫无预兆地晕倒在地上，人事不省。送到医院后被诊断为高血压引起的脑部微血管阻塞。
顾祝同从此住进医院，卧床不起，并吐字不清，无法与人交谈。
住院期间，顾祝同的妻子儿女们终日陪伴左右，顾祝同在黄埔军校任教时的学生、老部下、老朋友黄杰正好住在隔壁病房，经常坐着轮椅过来看望他。
1987年1月17日凌晨4时20分，顾祝同在台湾“三军总医院”逝世，享年94岁。
历史评说
顾祝同是国民党赴台之后仍能得到蒋介石重用的极少数高级将领之一，在准黄埔元老中也是能得此重用的佼佼者，因其一生仕途通达，故有军中常青树之称。
抗战胜利后，准黄埔系有起有落，只有两个人不断上升，一个是陈诚，另一个便是顾祝同。顾祝同在抗日战场战绩平平，之所以受到蒋介石倚重，当源于对蒋介石的忠诚。
