其次，是表现在对于历史进程的认识上。李贽对历史进程有自己的独立见解，即把历史进程看作是种种不同历史人物活动的轨迹；不论这些历史人物活动的性质及其后果如何，都应当在这个轨迹上反映出来。《藏书·世纪》部分，就是按照这个认识编撰的。他在《藏书》卷二《世纪·混一诸侯》一目之下，列举了秦始皇帝，在《匹夫首倡》下写了陈王胜，在《英雄草创》下写了西楚霸王项羽，在《乘时复业》下写了齐王田横，最后在《神圣开墓》下写了汉高祖皇帝。按照同样的道理，王莽、公孙述、曹魏、孙吴、刘蜀、南朝、北朝，以及李密、窦建德等，都一一列于“世纪”之中。他对历史进程的这种看法，有两个鲜明的特点：一是摆脱了“天命”论的窠臼；二是基本上跳出了“正统”论的圈子。同时具备这两个方面批判精神，在他以前的史学家中是少见的。李贽以混一诸侯、混一南北、华夷一统分别评价秦、隋、元三朝的历史，以东晋为南朝开端、刘渊为北朝起始等见解，也都不与前人雷同。李贽还认为：历史上的“治”与“乱”是相互依存、相互转化的，“乱之终而治之始也”，“治之极而乱之兆也”。他是用人们物质生活的“文”与“质”的相互转化来说明这种现象的。可见，他对于历史上治乱的认识是具有朴素的唯物思想和辩证思想的。但他没有指出在“一文一质，一治一乱”中历史的进步，反而认为“一治一乱若循环”，暴露出他在历史观上的局限性。