清廷在英、美、法等国的高压下表示屈服。9月29日发布上谕：“该督刘秉璋督率无方，厥咎甚重”，“着即行革职，永不叙用，以示惩儆。”此前，川省已将邛州知州周风藻等5名官吏奏参撤职。10月20日，清廷谕令将办理省城保甲总局候补道周振琼等7名官员革职。清政府在历次教案交涉中坚守仅“拿犯赔银”而不惩处高官的底线终于被列强打破。至于“惩凶”问题，据川督鹿传霖的奏报，这次教案中“洋人教民幸无一人伤害者”，反有“匪民”11人被教民“格毙”。美国公使田贝在6月4日给美国国务卿的报告中也承认“除一名天主教主教受有轻伤外，其他洋人无一受伤者”。然而，参与打教者有6人被正法，17人被判杖、徒刑；清政府竟然如此“重刑结案”，在近代教案史上可谓史无前例。
有关赔偿问题，与法国于8月间议定：法教堂医馆被毁共39处，共计赔银959324两（其中包括成都一洞教堂声称所失之存银50万两）、制钱200千。12月与美国议定：美堂馆被毁3处，赔银30325两。翌年1月，与英国议定：英被毁堂馆8处，赔银72597.6两。以上赔款共计银1062246.6两，钱200千。
